lib/bup/bloom.py

   1 """Discussion of bloom constants for bup:
   2
   3 There are four basic things to consider when building a bloom filter:
   4 The size, in bits, of the filter
   5 The capacity, in entries, of the filter
   6 The probability of a false positive that is tolerable
   7 The number of bits readily available to use for addressing filter bits
   8
   9 There is one major tunable that is not directly related to the above:
  10 k: the number of bits set in the filter per entry
  11
  12 Here's a wall of numbers showing the relationship between k; the ratio between
  13 the filter size in bits and the entries in the filter; and pfalse_positive:
  14
  15 mn|k=3    |k=4    |k=5    |k=6    |k=7    |k=8    |k=9    |k=10   |k=11
  16  8|3.05794|2.39687|2.16792|2.15771|2.29297|2.54917|2.92244|3.41909|4.05091
  17  9|2.27780|1.65770|1.40703|1.32721|1.34892|1.44631|1.61138|1.84491|2.15259
  18 10|1.74106|1.18133|0.94309|0.84362|0.81937|0.84555|0.91270|1.01859|1.16495
  19 11|1.36005|0.86373|0.65018|0.55222|0.51259|0.50864|0.53098|0.57616|0.64387
  20 12|1.08231|0.64568|0.45945|0.37108|0.32939|0.31424|0.31695|0.33387|0.36380
  21 13|0.87517|0.49210|0.33183|0.25527|0.21689|0.19897|0.19384|0.19804|0.21013
  22 14|0.71759|0.38147|0.24433|0.17934|0.14601|0.12887|0.12127|0.12012|0.12399
  23 15|0.59562|0.30019|0.18303|0.12840|0.10028|0.08523|0.07749|0.07440|0.07468
  24 16|0.49977|0.23941|0.13925|0.09351|0.07015|0.05745|0.05049|0.04700|0.04587
  25 17|0.42340|0.19323|0.10742|0.06916|0.04990|0.03941|0.03350|0.03024|0.02870
  26 18|0.36181|0.15765|0.08392|0.05188|0.03604|0.02748|0.02260|0.01980|0.01827
  27 19|0.31160|0.12989|0.06632|0.03942|0.02640|0.01945|0.01549|0.01317|0.01182
  28 20|0.27026|0.10797|0.05296|0.03031|0.01959|0.01396|0.01077|0.00889|0.00777
  29 21|0.23591|0.09048|0.04269|0.02356|0.01471|0.01014|0.00759|0.00609|0.00518
  30 22|0.20714|0.07639|0.03473|0.01850|0.01117|0.00746|0.00542|0.00423|0.00350
  31 23|0.18287|0.06493|0.02847|0.01466|0.00856|0.00555|0.00392|0.00297|0.00240
  32 24|0.16224|0.05554|0.02352|0.01171|0.00663|0.00417|0.00286|0.00211|0.00166
  33 25|0.14459|0.04779|0.01957|0.00944|0.00518|0.00316|0.00211|0.00152|0.00116
  34 26|0.12942|0.04135|0.01639|0.00766|0.00408|0.00242|0.00157|0.00110|0.00082
  35 27|0.11629|0.03595|0.01381|0.00626|0.00324|0.00187|0.00118|0.00081|0.00059
  36 28|0.10489|0.03141|0.01170|0.00515|0.00259|0.00146|0.00090|0.00060|0.00043
  37 29|0.09492|0.02756|0.00996|0.00426|0.00209|0.00114|0.00069|0.00045|0.00031
  38 30|0.08618|0.02428|0.00853|0.00355|0.00169|0.00090|0.00053|0.00034|0.00023
  39 31|0.07848|0.02147|0.00733|0.00297|0.00138|0.00072|0.00041|0.00025|0.00017
  40 32|0.07167|0.01906|0.00633|0.00250|0.00113|0.00057|0.00032|0.00019|0.00013
  41
  42 Here's a table showing available repository size for a given pfalse_positive
  43 and three values of k (assuming we only use the 160 bit SHA1 for addressing the
  44 filter and 8192bytes per object):
  45
  46 pfalse|obj k=4     |cap k=4    |obj k=5  |cap k=5    |obj k=6 |cap k=6
  47 2.500%|139333497228|1038.11 TiB|558711157|4262.63 GiB|13815755|105.41 GiB
  48 1.000%|104489450934| 778.50 TiB|436090254|3327.10 GiB|11077519| 84.51 GiB
  49 0.125%| 57254889824| 426.58 TiB|261732190|1996.86 GiB| 7063017| 55.89 GiB
  50
  51 This eliminates pretty neatly any k>6 as long as we use the raw SHA for
  52 addressing.
  53
  54 filter size scales linearly with repository size for a given k and pfalse.
  55
  56 Here's a table of filter sizes for a 1 TiB repository:
  57
  58 pfalse| k=3        | k=4        | k=5        | k=6
  59 2.500%| 138.78 MiB | 126.26 MiB | 123.00 MiB | 123.37 MiB
  60 1.000%| 197.83 MiB | 168.36 MiB | 157.58 MiB | 153.87 MiB
  61 0.125%| 421.14 MiB | 307.26 MiB | 262.56 MiB | 241.32 MiB
  62
  63 For bup:
  64 * We want the bloom filter to fit in memory; if it doesn't, the k pagefaults
  65 per lookup will be worse than the two required for midx.
  66 * We want the pfalse_positive to be low enough that the cost of sometimes
  67 faulting on the midx doesn't overcome the benefit of the bloom filter.
  68 * We have readily available 160 bits for addressing the filter.
  69 * We want to be able to have a single bloom address entire repositories of
  70 reasonable size.
  71
  72 Based on these parameters, a combination of k=4 and k=5 provides the behavior
  73 that bup needs.  As such, I've implemented bloom addressing, adding and
  74 checking functions in C for these two values.  Because k=5 requires less space
  75 and gives better overall pfalse_positive performance, it is preferred if a
  76 table with k=5 can represent the repository.
  77
  78 None of this tells us what max_pfalse_positive to choose.
  79
  80 Brandon Low <lostlogic@lostlogicx.com> 2011-02-04
  81 """
  82
  83 from __future__ import absolute_import
  84 import sys, os, math, mmap, struct
  85
  86 from bup import _helpers
  87 from bup.helpers import (debug1, debug2, log, mmap_read, mmap_readwrite,
  88                          mmap_readwrite_private, unlink)
  89
  90
  91 BLOOM_VERSION = 2
  92 MAX_BITS_EACH = 32 # Kinda arbitrary, but 4 bytes per entry is pretty big
  93 MAX_BLOOM_BITS = {4: 37, 5: 29} # 160/k-log2(8)
  94 MAX_PFALSE_POSITIVE = 1. # Totally arbitrary, needs benchmarking
  95
  96 _total_searches = 0
  97 _total_steps = 0
  98
  99 bloom_contains = _helpers.bloom_contains
 100 bloom_add = _helpers.bloom_add
 101
 102 # FIXME: check bloom create() and ShaBloom handling/ownership of "f".
 103 # The ownership semantics should be clarified since the caller needs
 104 # to know who is responsible for closing it.
 105
 106 class ShaBloom:
 107     """Wrapper which contains data from multiple index files. """
 108     def __init__(self, filename, f=None, readwrite=False, expected=-1):
 109         self.name = filename
 110         self.rwfile = None
 111         self.map = None
 112         assert(filename.endswith('.bloom'))
 113         if readwrite:
 114             assert(expected > 0)
 115             self.rwfile = f = f or open(filename, 'r+b')
 116             f.seek(0)
 117
 118             # Decide if we want to mmap() the pages as writable ('immediate'
 119             # write) or else map them privately for later writing back to
 120             # the file ('delayed' write).  A bloom table's write access
 121             # pattern is such that we dirty almost all the pages after adding
 122             # very few entries.  But the table is so big that dirtying
 123             # *all* the pages often exceeds Linux's default
 124             # /proc/sys/vm/dirty_ratio or /proc/sys/vm/dirty_background_ratio,
 125             # thus causing it to start flushing the table before we're
 126             # finished... even though there's more than enough space to
 127             # store the bloom table in RAM.
 128             #
 129             # To work around that behaviour, if we calculate that we'll
 130             # probably end up touching the whole table anyway (at least
 131             # one bit flipped per memory page), let's use a "private" mmap,
 132             # which defeats Linux's ability to flush it to disk.  Then we'll
 133             # flush it as one big lump during close().
 134             pages = os.fstat(f.fileno()).st_size / 4096 * 5 # assume k=5
 135             self.delaywrite = expected > pages
 136             debug1('bloom: delaywrite=%r\n' % self.delaywrite)
 137             if self.delaywrite:
 138                 self.map = mmap_readwrite_private(self.rwfile, close=False)
 139             else:
 140                 self.map = mmap_readwrite(self.rwfile, close=False)
 141         else:
 142             self.rwfile = None
 143             f = f or open(filename, 'rb')
 144             self.map = mmap_read(f)
 145         got = str(self.map[0:4])
 146         if got != 'BLOM':
 147             log('Warning: invalid BLOM header (%r) in %r\n' % (got, filename))
 148             return self._init_failed()
 149         ver = struct.unpack('!I', self.map[4:8])[0]
 150         if ver < BLOOM_VERSION:
 151             log('Warning: ignoring old-style (v%d) bloom %r\n'
 152                 % (ver, filename))
 153             return self._init_failed()
 154         if ver > BLOOM_VERSION:
 155             log('Warning: ignoring too-new (v%d) bloom %r\n'
 156                 % (ver, filename))
 157             return self._init_failed()
 158
 159         self.bits, self.k, self.entries = struct.unpack('!HHI', self.map[8:16])
 160         idxnamestr = str(self.map[16 + 2**self.bits:])
 161         if idxnamestr:
 162             self.idxnames = idxnamestr.split('\0')
 163         else:
 164             self.idxnames = []
 165
 166     def _init_failed(self):
 167         if self.map:
 168             self.map = None
 169         if self.rwfile:
 170             self.rwfile.close()
 171             self.rwfile = None
 172         self.idxnames = []
 173         self.bits = self.entries = 0
 174
 175     def valid(self):
 176         return self.map and self.bits
 177
 178     def __del__(self):
 179         self.close()
 180
 181     def close(self):
 182         if self.map and self.rwfile:
 183             debug2("bloom: closing with %d entries\n" % self.entries)
 184             self.map[12:16] = struct.pack('!I', self.entries)
 185             if self.delaywrite:
 186                 self.rwfile.seek(0)
 187                 self.rwfile.write(self.map)
 188             else:
 189                 self.map.flush()
 190             self.rwfile.seek(16 + 2**self.bits)
 191             if self.idxnames:
 192                 self.rwfile.write('\0'.join(self.idxnames))
 193         self._init_failed()
 194
 195     def pfalse_positive(self, additional=0):
 196         n = self.entries + additional
 197         m = 8*2**self.bits
 198         k = self.k
 199         return 100*(1-math.exp(-k*float(n)/m))**k
 200
 201     def add(self, ids):
 202         """Add the hashes in ids (packed binary 20-bytes) to the filter."""
 203         if not self.map:
 204             raise Exception("Cannot add to closed bloom")
 205         self.entries += bloom_add(self.map, ids, self.bits, self.k)
 206
 207     def add_idx(self, ix):
 208         """Add the object to the filter."""
 209         self.add(ix.shatable)
 210         self.idxnames.append(os.path.basename(ix.name))
 211
 212     def exists(self, sha):
 213         """Return nonempty if the object probably exists in the bloom filter.
 214
 215         If this function returns false, the object definitely does not exist.
 216         If it returns true, there is a small probability that it exists
 217         anyway, so you'll have to check it some other way.
 218         """
 219         global _total_searches, _total_steps
 220         _total_searches += 1
 221         if not self.map:
 222             return None
 223         found, steps = bloom_contains(self.map, str(sha), self.bits, self.k)
 224         _total_steps += steps
 225         return found
 226
 227     def __len__(self):
 228         return int(self.entries)
 229
 230
 231 def create(name, expected, delaywrite=None, f=None, k=None):
 232     """Create and return a bloom filter for `expected` entries."""
 233     bits = int(math.floor(math.log(expected*MAX_BITS_EACH/8,2)))
 234     k = k or ((bits <= MAX_BLOOM_BITS[5]) and 5 or 4)
 235     if bits > MAX_BLOOM_BITS[k]:
 236         log('bloom: warning, max bits exceeded, non-optimal\n')
 237         bits = MAX_BLOOM_BITS[k]
 238     debug1('bloom: using 2^%d bytes and %d hash functions\n' % (bits, k))
 239     f = f or open(name, 'w+b')
 240     f.write('BLOM')
 241     f.write(struct.pack('!IHHI', BLOOM_VERSION, bits, k, 0))
 242     assert(f.tell() == 16)
 243     # NOTE: On some systems this will not extend+zerofill, but it does on
 244     # darwin, linux, bsd and solaris.
 245     f.truncate(16+2**bits)
 246     f.seek(0)
 247     if delaywrite != None and not delaywrite:
 248         # tell it to expect very few objects, forcing a direct mmap
 249         expected = 1
 250     return ShaBloom(name, f=f, readwrite=True, expected=expected)
 251
 252
 253 def clear_bloom(dir):
 254     unlink(os.path.join(dir, 'bup.bloom'))